• El 3 de octubre, el general Marcelino García Barragán, entonces secretario de la Defensa Nacional, da una conferencia de prensa, en la que justifica la intervención del ejército: «Se ordenó un dispositivo para evitar que los estudiantes fueran del mitin de Tlatelolco al Casco de Santo Tomás, el ejército intervino en Tlatelolco a petición de la policía y para sofocar un tiroteo entre dos grupos de estudiantes». Y asienta: «el comandante responsable soy yo. No se decretará el estado de sitio. México es un país donde la libertad impera y seguirá imperando». Y amenaza con actuar con la misma energía si «aparecen más brotes de agitación».

• El 5 de octubre el Consejo Nacional de Huelga da una conferencia de prensa, en la que declara: Los estudiantes no provocaron ni prepararon o realizaron los sangrientos sucesos del 2 de octubre. Quienes dieron pretexto para la represión militar fueron grupos de individuos que ametrallaron al ejército y al pueblo, los cuales se identificaban entre sí por medio de un guante o venda en la mano izquierda, los mismos que fueron vistos por algunos estudiantes hacer arrestos y acatar órdenes de las autoridades policiacas. El grupo mencionado causó la muerte con su acción a 150 civiles y 40 militares. El propósito de la brutal represión del 2 de octubre era aprehender a todos los miembros del CNH para descabezar el movimiento.
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• El 17 de octubre 58 estudiantes presos en Lecumberri dan a conocer al pueblo de México su testimonio:

1. El miércoles 2 de octubre en la Plaza de Tlatelolco, algunos de nosotros participamos en un mitin completamente pacífico y fuimos testigos de que personas vestidas de civil, que posteriormente pudimos saber que pertenecen al cuerpo especial del Ejército Mexicano llamado Batallón 'Olimpia' y a los cuerpos policiacos del D. F., junto con uniformados del mismo ejército, dispararon, sin miramiento alguno, contra la gente inerme e indefensa que participaba en el mitin.
2. Después de los sangrientos sucesos de ese día, fuimos detenidos con todo lujo de violencia, unos en el lugar de los hechos y otros en casas particulares o en la calle, en todos los casos no hubo, por parte de nosotros, resistencia alguna a nuestra detención.
3. Ninguno de nosotros hizo uso de ninguna arma de fuego, contrariamente a lo que se nos imputa.
4. La mayoría, después de ser detenidos, fuimos salvajemente golpeados por elementos policiacos y militares, en locales que ocupan el Servicio Secreto, la Dirección Federal de Seguridad y el Campo Militar No. 1.
5. Fuimos sometidos a interrogatorios y torturas y dentro de este clima de tensión se nos forzó a declarar ante el Ministerio Público.
6. Ninguno de nosotros ha recibido consignas del Consejo Nacional de Huelga para hacer uso de la violencia y este organismo, a nuestro entender, sólo ha utilizado formas pacíficas y legales de lucha.
7. Todos nosotros estamos seriamente preocupados por la suerte que corre el compañero Raúl Álvarez Garín, miembro del Consejo Nacional de Huelga que, nos consta, hasta el miércoles 9 de este mes, permanecía preso en la prisión del Campo Militar No. 1. Hasta la fecha el compañero Raúl Álvarez no ha sido consignado ante ningún juzgado, por lo que exigimos se haga público su paradero y se respete su integridad física…

• El 19 de octubre son declarados formalmente presos Raúl Álvarez Garín y Miguel Eduardo Valle Espinosa, miembros del Consejo Nacional de Huelga. En un documento oficial se indica que del 26 de julio al 24 de octubre de 1968 se han efectuado la aprehensión de aproximadamente 5000 personas, de las cuales se han consignado al 10 por ciento aproximadamente.¹³

• El 25 de octubre en asambleas efectuadas en la Unidad Profesional de Zacatenco, los estudiantes se pronuncian por no regresar a clases en tanto no se obtenga la libertad de los estudiantes presos.¹³

• El 27 de octubre se clausuran los XIX Juegos Olímpicos.

• El 29 de octubre a las 12:30 horas, la Secretaría de la Defensa Nacional entrega a las autoridades del IPN los edificios e instalaciones que habían sido ocupados por el ejército desde el 24 de septiembre. El Consejo Nacional de Huelga efectúa asambleas generales en diversas facultades y escuelas de la Ciudad Universitaria y de la Unidad Profesional de Zacatenco. En todas las asambleas se confirma que el movimiento estudiantil debe proseguir hasta la solución de las demandas contenidas en el pliego petitorio de seis puntos.¹³

• El 31 de octubre a las 17:30, se inicia en la explanada de la Ciudad Universitaria el «Mitin de la Unidad», programado por el CNH para mostrar la continuidad de la unidad del estudiantado y del movimiento. En el mitin se toma el acuerdo de celebrar asambleas generales en todas las escuelas del IPN y de la UNAM a partir del 4 de noviembre, para que la base estudiantil decida la forma que adoptará el movimiento en las nuevas circunstancias.

• El 3 de noviembre el secretario de Educación Pública difunde un mensaje a través de la radio y la televisión, llamando a los estudiantes a restablecer la normalidad escolar. Por su parte, el director de la Escuela Nacional de Agricultura de Chapingo, Gilberto Palacios, informa que ha invitado a los alumnos, mediante cartas y telegramas, a que regresen a clases, anunciando que éstas reanudarán el 2 de diciembre del año en curso.

• El 4 de noviembre durante todo el día, se realizan asambleas en diversos planteles de la UNAM, del IPN y en la Escuela Nacional de Maestros para conocer la posición del estudiantado en torno a la continuidad o suspensión de la huelga estudiantil. Se informa que, en las asambleas, los estudiantes han acordado "continuar el paro y no volver a clases hasta que haya sido solucionado el pliego petitorio de seis puntos"; también han decidido «dirigirse hacia los sectores obreros y campesinos en busca de su apoyo».¹³

• El 11 de noviembre aumentan las presiones para que los estudiantes retornen a clases y circulan rumores de una posible intervención del Estado en la UNAM.

• El 14 de noviembre el CNH somete a la consideración del estudiantado y del pueblo de México, lo siguiente:

1. «Que no es posible pensar en el retorno a clases en tanto no se cumplan plenamente las 3 condiciones que hemos fijado para ir al diálogo público.»
2. «Que respecto al diálogo público mantenemos la misma posición, aun cuando éste se lleve a cabo habiendo iniciado las labores académicas.»

• El 17 de noviembre se hacen nuevos llamados a los estudiantes para que regresen a clases, advirtiendo de los peligros que corren las instituciones educativas si insisten en sostener la huelga. En ese sentido se pronuncian los directivos de las escuelas del Instituto Politécnico Nacional; así como el Consejo Universitario de la UNAM.

• El 21 de noviembre en reunión del Consejo Nacional de Huelga se vota unánimemente por el retorno a clases. Aunque se acuerda que esta deliberación sea sometida a la consideración de las asambleas de todas las escuelas en huelga, para que la base estudiantil determine una solución definitiva.

• El 22 de noviembre el rector Barros Sierra llama al retorno a clases para el próximo lunes 25. Se celebran asambleas en las diversas escuelas en huelga, para someter a consideración del estudiantado la propuesta del Consejo Nacional de Huelga de regresar a clases. En las asambleas se producen encendidas polémicas y resoluciones encontradas: unas escuelas se pronuncian por levantar el paro, otras deciden prolongar la huelga. Los estudiantes del IPN, en asamblea celebrada en el auditorio de la Unidad Profesional de Zacatenco, rechazan la propuesta del CNH.

• El 25 de noviembre se realizan asambleas estudiantiles en casi todos los planteles del IPN, de la UNAM, en la Escuela Nacional de Maestros y en la Escuela Normal Superior de México. Nuevamente las reuniones estudiantiles se caracterizan por las encendidas discusiones entre los partidarios de la huelga y los que están a favor del retorno a clases.¹³

• El 6 de diciembre, reunidos en la Escuela Superior de Ingeniería Mecánica y Eléctrica del IPN, la mayoría de los miembros del CNH, en su calidad de representantes de las diversas escuelas en huelga, decide por votación disolver este organismo. Se anuncia que con el objeto de continuar el movimiento estudiantil se procederá a fortalecer los comités coordinadores de lucha de los planteles de la UNAM y el IPN, así como los de Chapingo y de las escuelas normales. La tarea inmediata de los referidos comités coordinadores será organizar una manifestación para el 13 de diciembre, denominada «Gran Marcha de Protesta», cuyo recorrido sería entre la Ciudad Universitaria y el Casco de Santo Tomás.

• El 12 de diciembre el Gobierno del Distrito Federal niega la autorización para la realización de la manifestación estudiantil programada para el 13 de diciembre. La Jefatura de Policía advierte: «ese acto no será permitido por carecer del permiso respectivo».

• El 13 de diciembre, la manifestación estudiantil sale de la Ciudad Universitaria. En Insurgentes están estacionados tanques militares, patrullas y camiones con granaderos, con la orden de impedir el avance de la manifestación. Los estudiantes, con el recuerdo reciente de la matanza del 2 de octubre, retroceden y regresan a Ciudad Universitaria. Al mismo tiempo, agrupamientos del ejército y de la policía se encuentran estacionados en las cercanías de los centros de estudio del Politécnico, en Zacatenco y en el Casco de Santo Tomás, con el mismo objeto de impedir la movilización de los estudiantes.